V NPR Manínska tiesňava bolo zdokumentované najnižšie miesto výskytu piskora vrchovského (Sorex alpinus) v Západných Karpatoch.
Z väčších cicavcov sa vyskytujú napr. vydra riečna (Lutra lutra), mačka lesná (Felis silvestris), rys ostrovid (Lynx lynx), vlk dravý (Canis lupus) a medveď hnedý (Ursus arctos).
Každoročne monitorujeme početnosť veľkých šeliem (vlk, rys, medveď). Presnejšia metóda je dvojdňová metóda sčítovania stôp v zime na prvom čerstvom snehu, ale realizujeme aj jednoduchšiu formu sčitovania stôp na snehu.
Správa CHKO Strážovské vrchy každoročne uskutočňuje monitoring prítomnosti vydry riečnej na vybraných tokoch. Realizuje sa jednak letný monitoring založený na sčitovaní a vyhodnocovaní pobytových znakov odtlačky stôp v jemných sedimentoch, výlučky pachovej žľazy a trus pod mostami. Počas zimného monitoringu sa sledujú odtlačky stôp v snehu, “šmýkačky”, vchody do brlohov, trus a výlučky pachovej žľazy (najčastejšie na kameňoch pod mostami).