Lesy sú najrozšírenejším biotopom Strážovských vrchov. Pokrývajú 79% CHKO a ich podiel neustále stúpa na úkor nelesných biotopov. Vplyvom nevšednej geomorfologickej členitosti, ktorú charakterizuje aj rozpätie nadmorských výšok na pomerne malom území (315 – 1213 m n.m.) a geologického podložia, ktoré tvoria karbonátové horniny (vápence, dolomity a vápnité zlepence), sa tu nachádza pomerne pestrá zmes lesných spoločenstiev.
Najrozšírenejším lesným biotopom sú vápnomilné bukové lesy. Na strmých skalnatých svahoch tvoria často rozvoľnené riedke porasty. Hlavnou drevinou je buk lesný, primiešané sú ďalšie dreviny – jedľa biela, smrek obyčajný a borovica lesná. Vzácne sa vyskytuje chránený tis obyčajný. Keďže pôdy na vápencoch majú dostatok živín, rastie v presvetlených porastoch množstvo bylinných druhov. Vápnomilné bučiny sú rajom orchideí. Často tu môžeme nájsť hniezdovku hlístovú, kruštíky (malolistý, rožkatý, širokolistý, tmavočervený), prilbovky (biela, červená, dlholistá). Veľmi vzácne sa v nich vyskytuje črievičník papučkový.
Druhým najrozšírenejším lesným biotopom sú jedľovo-bukové kvetnaté lesy. Okrem buka lesného sa tu občas vyskytuje aj jedľa biela a smrek obyčajný. Aj tu sa vzácne vysktuje tis. Koruny stromov týchto biotopov sú často veľmi husté, takže nimi preniká len málo svetla. V takomto tieni rastie iba málo rastlín. Ak sa súčasne hromadí opadané bukové lístie, les je takmer bez bylín. Väčšina rastlín ako zubačky (cibuľkonosná, deväťlistá), chochlačky (dutá a plná), kvitne na jar pred olistením bukov, podľa čoho dostali svoj názov – kvetnaté bučiny. Často sa v nich vyskytujú paprade, ale aj bažanka trváca a marinka voňavá, ktoré na mnohých miestach výrazne prevládajú.
Svahové sutiny osídľujú miestami lipovo-javorové sutinové lesy. Majú pestré zastúpenie listnatých drevín, okrem buka lesného sa tu vyskytujú javor horský i javor mliečny, lipa veľkolistá i malolistá a jaseň štíhly. Majú vyšší obsah živín a preto aj byliny sú zastúpené druhmi, ktoré obľubujú vyšší obsah dusíka v pôde. Často v nich nachádzame mesačnicu trváciu a vzácne sa v nich vyskytuje chránená papraď jazyk jelení.
Na vrchole Strážova sa vyskytujú javorovo-bukové horské lesy. Drsné klimatické podmienky sa tu odrážajú aj v nižšom a pokrivenom vzraste stromov. V okrajových častiach Strážovských vrchov, tam, kde žulové podložie vystupuje na povrch, sa vyskytujú kyslomilné bukové lesy. Z bylín tu rastie len málo kyslomilných druhov.
V Podhradskej doline sa vyskytujú teplomilné porasty s dubom plstnatým, ktoré tu majú severnú hranicu rozšírenia. V nich sa vyskytuje veľa teplomilných druhov rastlín, napr. lykovec voňavý, kavyle a ďalšie druhy teplomilných ostrevkových spoločenstiev, do ktorých miestami plynulo prechádzajú.
Pri potokoch sa vyskytujú jaseňovo-jelšové podhorské lužné lesy. Na okrajoch brehov potokov upúta na jar záružlie močiarne.